Originariamente la chiesa era una cappella medievale, probabilmente a croce greca, di dimensioni più modeste e con disposizione perpendicolare a quella attuale, in maniera da presentare una o più absidi orientate ad est. Nel corso dei secoli ha subito numerosissimi rimaneggiamenti, le cui tracce sono tuttora visibili sulla parete esterna che guarda l’Argentino. Il campanile quadrato ha per basamento un’antica torre feudale o urbica, a cui erano collegate un tempo le mura di Porta Terrena. La sua riapertura al culto, il 21 ottobre 2000, ha rappresentato un vero e proprio avvenimento storico, che ha restituito al paese uno dei suoi monumenti più importanti, nel quale gli stili architettonici ed artistici si sovrappongono in alcuni casi e si completano in altri, lasciando ben visibili le fasi di edificazione, anche se il seicento ha lasciato la sua traccia più evidente.
L’edificio presenta un assetto planimetrico a croce latina con volta a botte a navata unica. L’abside è circondato da un semplice e lineare coro ligneo abbellito da capitelli in argento e dominato da una tela del ‘600 con stemma gentilizio. Il dipinto raffigura la Vergine con bambino, alle spalle Sant’Anna e ai piedi Santa Elisabetta che presenta il piccolo Giovanni a Gesù.
All’interno ha otto paliotti d’altare in marmi policromi del sec. XVIII e anche l’altare maggiore è lavorato finemente in marmo ad intarsio.
Di pregevole fattura sono i medaglioni centrali in marmo bianco a bassorilievo raffigurante il Battista, nel Paliotto dell’altare maggiore, Madonna che allatta in quello della Madonna delle Grazie, madonnina che sorregge il bambino in quello di S. Sebastiano.
Partendo dal nucleo originario costituito dalla riservata cappella medievale, troviamo affreschi raffiguranti la Madonna del soccorso con l’albero di Jesse, un Santo martire e la Maddalena mirrofora con due angeli reggicortina. Nella sacrestia un tondo raffigurante la Sacra Famiglia fra gli angeli con S. Elisabetta, S. Zaccaria e S. Giovannino. Le pareti del presbiterio, che erano state inopinatamente imbiancate sembra, verso la metà del novecento, sono completamente affrescate da Giovanbattista Colimodio, sacerdote ed artista locale coevo di Mattia Preti, della scuola di Luca Giordano. Esse racchiudono due cicli della vita di San Giovanni Battista: (la predicazione sulla parete di sinistra e la decollazione su quella di destra) e due episodi della vita di Gesù, l’adorazione dei pastori e dei magi.
Accanto a questi motivi principali troviamo inoltre San Ludovico da Tolosa, San Antonio Abate e San Bruno da Colonia (parete destra), di fronte sono stati raffigurati San Francesco Saverio, San Francesco di Paola, San Oronzio e San Nicola di Bari.
Nella volta del presbiterio si può ammirare la gloria del Padre circondato da una schiera di santi: S. Caterina da Siena, S. Tommaso d’Aquino, S. Bernardo da Chiaravalle, S. Gennaro, S. Silvestro papa, S. Orsola, S. Agnese, S. Rosalia; mentre nella mezzaluna frontale interna, seduto sulle nubi, San Francesco d’Assisi, estasiato, contempla la Gloria del Padre.
Nell’arco maggiore, abbellito dal simbolismo del pellicano in stucco recante il cartiglio “Similis factus sum pellicano solitudinis”, sono dipinti gli strumenti della Passione.
Quattro affreschi a forma di medaglione, di cui quello raffigurante la cacciata dei mercanti dal tempio è andato perduto, si trovano nella volta e rappresentano la nascita di Giovanni Battista, il Giudizio di Salomone e la cacciata di un profeta (probabilmente S.Eliodoro) dal tempio. Nella navata, poste una di fronte all’altra due tele, attualmente in restauro, raffiguranti Santa Caterina d’Alessandria e Santa Lucia, datate 1605 ed opera del Colimodio. Accanto alla statua della Madonna delle Grazie, sulla parete destra, troviamo una tela con Madonna in trono fra S. Pietro e S. Giovanni Battista il cui committente sarebbe lo stesso Colimodio, che compare nella parte bassa del dipinto, il cui autore sarebbe proprio il nipote dell’artista.
A seguire, nella nicchia al di sopra dell’altare successivo, troviamo la statua di Domine Jesu datata 1500, una tela con la Madonna del Rosario del 1803, opera di Genesius Galtieri che apparteneva all’arciconfraternita della Madonna del Rosario.
All’ingresso, al di sotto del palco che ospitava l’organo settecentesto, il fonte battesimale in pietra lavorata con grande maestria; lungo la parete sinistra la tela del Beato Pier Giorgio Frassati, opera di Armando Fettolini, la statua di San Sebastiano, patrono di Orsomarso, che è posta nella nicchia che ospitava la statua lignea di San Giuseppe, risalente al 1700 e che è attualmente in restauro.